เมื่อสำเร็จการศึกษาตามหลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิตแล้ว จะได้รับปริญญาแพทยศาสตรบัณฑิต (พ.บ.) จากมหาวิทยาลัยมหิดล นักศึกษาแพทย์โครงการผลิตแพทย์เพื่อชาวชนบทซึ่งเป็นคู่สัญญากับกระทรวงสาธารณสุข จะต้องกลับไปปฏิบัติงานชดใช้ทุนในจังหวัดที่เป็นภูมิลำเนา หรือที่กระทรวงสาธารณสุขกำหนด

• ผู้ที่จบการศึกษาในโครงการผลิตแพทย์เพื่อชาวชนบทในโควตาปกติ CPIRD

จะต้องปฏิบัติงานชดใช้ทุนในจังหวัดที่เป็นภูมิลำเนา เป็นเวลาไม่น้อยกว่า 3 ปี กรณีที่ผิดสัญญา ไม่ปฏิบัติตามเงื่อนไขต้องชดใช้เงินจำนวน 400,000 บาท (สี่แสนบาทถ้วน) แทนการปฏิบัติงาน

• ผู้ที่จบการศึกษาในโครงการผลิตแพทย์เพื่อชาวชนบท ที่รับทุนการศึกษาในโควตาทุน ODOD

จะต้องปฏิบัติงานชดใช้ทุนในอำเภอ หรือในจังหวัดที่เป็นภูมิลำเนา หรือในจังหวัดที่ขาดแคลนแพทย์ตามที่กระทรวงสาธารณสุขกำหนดเป็นเวลา 12 ปี กรณีที่ผิดสัญญา ไม่ปฏิบัติตามเงื่อนไขต้องชดใช้เงินจำนวน 2,000,000 บาท (สองล้านบาทถ้วน) แทนการปฏิบัติงาน

ผู้รับทุนจะได้รับอนุญาตให้ลาฝึกอบรมแพทย์ประจำบ้านในระหว่างปฏิบัติงานชดใช้ทุน หลังฝึกอบรมแล้วให้ปฏิบัติงานในโรงพยาบาลชุมชนที่เป็นต้นสังกัด และระยะเวลาในการฝึกอบรมไม่นับรวมเป็นระยะเวลาในการชดใช้ทุน ตามเงื่อนไขเวลาและสาขาวิชาดังนี้

1. ผู้ปฏิบัติงานชดใช้ทุนครบ 4 ปี สามารถฝึกอบรมใน สาขาเวชศาสตร์ป้องกันคลินิก (Clinical Preventive Medicine), สาขาเวชศาสตร์ครอบครัว (Family Medicine)
2. ผู้ปฏิบัติงานชดใช้ทุนครบ 5 ปี สามารถฝึกอบรมใน สาขาศัลยศาสตร์ (Surgery), สาขาศัลยศาสตร์ออร์โธปิดิกส์ (Orthopedic surgery)
3. ผู้ปฏิบัติงานชดใช้ทุนครบ 6 ปีสามารถฝึกอบรมใน สาขาอายุรศาสตร์ (Internal medicine), สาขาสูติศาสตร์-นรีเวชวิทยา (Obstetrics and Gynaecology), สาขากุมารเวชศาสตร์ (Pediatrics)
4. การเข้าฝึกอบรมสาขาอื่น ๆ นอกเหนือจาก ข้อ (1) (2) และ (3) ให้เป็นไปตามความเหมาะสมของกระทรวงสาธารณสุขและต้นสังกัด